Det Federal University Of Bahia begyndte den 18. februar 1808, da prinsregent Dom João VI indledte kirurgisk skole i Bahia, det første universitetskursus i Brasilien. Alligevel inkorporerede det i det 19. århundrede kurser i farmaci (1832) og tandpleje (1864), kunstakademiet (1877), jura (1891) og polytechnic (1896). I det 20. århundrede oprettede Isaías Alves fakultetet for filosofi, videnskab og breve (1941).
Grundlæggeren af UFBA - Den første rektor ved universitetet blev fremhævet i den videregående uddannelses bane. Født i Salvador, i 1894, dimitterede i medicin og specialiserede sig i kirurgi i São Paulo. Da han kom tilbage, blev han medlem af formanden for patologi og kirurgi og ledede det medicinske fakultet. I løbet af 15 år som rektor (1946-1961) ledede han processen med føderalisering og implementerede den fysiske og personalemæssige infrastruktur og skrev det første kapitel i et integreret universitet: Kunst, breve, humaniora og videnskab. I rektoratets første år blev universitetet i Bahia formelt konstitueret. I 1950 blev han Federal University Of Bahia , integrerede isolerede skoler og indførte andre kurser. I femten år under ledelse af Edgard Santos blomstrede UFBA inden for kunst, humaniora og sundhed.
Til Bahia bragte Edgard Santos navne fra den internationale scene; bygget universitetshospitalet; oprettede Center for Afro-Orientalske Studier og campusene Canela, Federação og Ondina. I sit præstegård blev Bahia fremtrædende med vægt på dans, musik og teater, de første universitetskurser af sin art i landet. I 1960'erne grundlagde UFBA to vigtige fænomener i nutidens kultur: Cinema Novo og Tropicalismo. Institutionen voksede, moderniserede og opretholdt identiteten i Edgard Santos-perioden.